تقع محمية موسكيتو لاغون المائية في شرق وسط فلوريدا، جنوب مقاطعة فولوسيا، جنوب مدخل بونس دي ليون. وهي مجاورة لبلديتين مدمجتين - نيو سميرنا بيتش وإيدجووتر - وعلى بُعد ٨٠ كيلومترًا شمال شرق أورلاندو. تُعد بحيرة موسكيتو جزءًا من نظام بحيرة نهر إنديان (IRL)، وهي بحيرة مصب نهرية طويلة وواسعة وضحلة، يحدها من الغرب البر الرئيسي لفلوريدا، ومن الشرق سلسلة من الجزر الحاجزة. تقع محمية موسكيتو لاغون المائية في أقصى الحوض الفرعي الشمالي لنظام IRL، وهي مصب نهري مبني على شكل حواجز. يمتد نظام IRL لمسافة ٢٥٠ كيلومترًا من مدخل بونس دي ليون في الطرف الشمالي إلى مدخل جوبيتر في الطرف الجنوبي. وهي موطن للدلافين قارورية الأنف، والسلاحف البحرية، وأبقار البحر، ومجموعة متنوعة من أنواع الأسماك، والتماسيح، والطيور. كما أنها تدعم أقصى مدى شمالي لموائل أشجار المانجروف الحمراء والسوداء، وموائل المستنقعات المنخفضة والمرتفعة، وأشرطة المحار الواسعة والمسطحات المدية.