Открытие Варненского археологического музея и его дальнейшее развитие тесно связано с именами двух братьев Германа и Карела Шкорпил, чехов по происхождению, которые приехали помогать с образованием и культурой своей братской славянской нации после освобождения Болгарии от турецкого ига. В 1894 году они навсегда поселились в Варне. 12 декабря 1901 года группа общественно активных деятелей и преподавателей основала Варненское археологическое общество, которое на протяжении десятилетий было основной движущей силой интереса и изучения истории Варны, Варненского региона и Северо-Восточной Болгарии. Открытие археологического музея было задачей первостепенной важности для общества.  Первоначально здание было построено как женская гимназия в 1892–1898 годах по проекту известного болгарского архитектора Петко Момчилова. Архитектурный стиль — неоренессанс.  Здание состоит из подвала и двух этажей. Оно образует почти полный квадрат и включает просторный внутренний двор. Некоторые комнаты и коридоры украшены настенными росписями. Через все здание проходит сплошной коридор, ведущий к выставочным залам.