Die Eröffnung des Archäologischen Museums Varna und seine weitere Entwicklung sind eng mit den Namen der beiden Brüder Herman und Karel Škorpil verbunden, die tschechischer Herkunft waren und nach der Befreiung Bulgariens vom türkischen Joch kamen, um bei der Bildung und Kultur ihres slawischen Brudervolkes zu helfen. 1894 ließen sie sich dauerhaft in Varna nieder. Am 12. Dezember 1901 gründete eine Gruppe sozial aktiver Persönlichkeiten und Lehrer die Archäologische Gesellschaft Varna, die seit Jahrzehnten die treibende Kraft für das Interesse und das Studium der Geschichte von Varna, der Region Varna und Nordostbulgarien ist. Die Eröffnung eines Archäologischen Museums war für die Gesellschaft eine Aufgabe von größter Bedeutung.  Das Gebäude wurde ursprünglich zwischen 1892 und 1898 nach dem Entwurf des berühmten bulgarischen Architekten Petko Momchilov als Mädchengymnasium errichtet. Der Architekturstil ist der Neorenaissance zuzuordnen.  Das Gebäude besteht aus einem Kellerbereich und zwei Stockwerken. Es bildet nahezu ein geschlossenes Quadrat und verfügt über einen großzügigen Innenhof. Einige Räume und Flure sind mit Wandmalereien geschmückt. Ein durchgehender Korridor zieht sich durch das gesamte Gebäude und führt zu den Ausstellungsräumen.