Ursprünglich sollte sie eine stolze und uneinnehmbare Festung werden, umgeben von Mauern und geschützt durch ein ausgeklügeltes System von Flutgräben. Diese in elf Jahren erbaute Festung Ende des 18. Jahrhunderts, deren Grundstein Kaiser Josef II. legte, und die Stadt, die den Namen seiner Mutter Kaiserin Maria Theresia trägt, konnte letztendlich nie etwas vor irgendjemandem schützen. Theresienstadt sollte unbedingt ein riesiges Gefängnis werden. Schon Mitte des 19. Jahrhunderts wurde es erstmals zu einem Gefängnis. Ihr berühmtester Gefangener war Gavrilo Princip, der in Sarajevo den ersten Schuss abfeuerte und den Ersten Weltkrieg auslöste, bevor er 1914 hierher gebracht wurde. Das Schicksal der Stadt besiegelte sich jedoch im Zweiten Weltkrieg. 1940 wurde die Kleine Festung Theresienstadt zu einem Gefängnis der Prager Gestapo, in das vor allem politische Gefangene eingewiesen wurden. Nur ein Jahr später wurde die ganze Stadt in ein Sammel- und Durchgangslager für Juden umgewandelt.

Der Nationalfriedhof wurde nach der Befreiung 1945 künstlich angelegt. Die Anregung dazu kam von ehemaligen Häftlingen und den Erben der Verstorbenen, auf deren Wunsch hin die sterblichen Überreste aus sechs Massengräbern in den Wällen der Kleinen Festung exhumiert wurden, die vom 1. März bis 7. Mai 1945 genutzt worden waren. Unter den Exhumierten befanden sich auch Häftlinge des Todesmarsches, der im Mai 1945 die Kleine Festung erreichte.

Das Ghetto Theresienstadt wurde 1991 in der ehemaligen Stadtschule eröffnet. Damit trugen die Bemühungen um ein würdiges Gedenken an die Opfer des Ghettos und eine korrekte Aufklärung seiner Geschichte nach mehr als vierzig Jahren endlich Früchte. Diese Aufgabe haben nicht nur die Mitarbeiter der Gedenkstätte Theresienstadt gemeinsam mit den ehemaligen Häftlingen, sondern auch andere Vertreter des öffentlichen Lebens des Landes zu bewältigen. Die neu konzipierte Dauerausstellung des Museums mit dem Titel „Terezín in der ‚Endlösung der Judenfrage‘ 1941 – 1945“ wurde 2001 eröffnet. Hier finden wir auch eine Gedenkhalle für die Kinder des Ghettos Theresienstadt, die den jüngsten Opfern gewidmet ist, sowie eine Auswahl der weltberühmten Zeichnungen von Kindern aus dem Ghetto, ein maßstabsgetreues Modell des Ghettos mit einem elektronischen Orientierungssystem, das die einzelnen Themenbereiche zeigt und relevante Informationen für Besucher, den örtlichen Lesesaal und das Kino enthält, in dem Dokumentarfilme gezeigt werden.

Der kleine jüdische Gebetsraum wurde während der Ghettozeit gegründet und diente den spirituellen Bedürfnissen der Gefangenen, die in den Nachbarhäusern untergebracht waren. Der Raum gehörte František Bubák und diente vor dem Zweiten Weltkrieg als Bestattungsinstitut. Obwohl Bubák 1942 gezwungen war, Theresienstadt zu verlassen, forderte er das Anwesen nach dem Krieg zurück. Da seine Familie Repressalien des kommunistischen Regimes fürchtete, hielten sie die Existenz des Gebetsraums geheim und nutzten ihn als Lagerraum. Bubáks Nachkommen informierten die Behörden erst nach der Samtenen Revolution von 1989, die der damaligen Tschechoslowakei die Demokratie brachte, darüber. Seit Ende der 1990er Jahre dürfen Besucher den Raum besichtigen.

Die lokale Regierung des jüdischen Ghettos hatte ihren Sitz im ehemaligen Gebäude der Magdeburg-Kaserne. Offiziell kümmerte sie sich um die internen Angelegenheiten des Ghettos, alle wichtigen Angelegenheiten unterlagen jedoch vollständig der Kontrolle des SS-Lagerkommandos. Die Magdeburg-Kaserne wurde 1997 nach Renovierungsarbeiten eröffnet und zeigt heute eine Nachbildung von Gefängnisbaracken aus der Ghettozeit und andere Gegenstände. Ihre Hauptfunktion besteht jedoch darin, eine Ausstellung über das künstlerische und kulturelle Leben des Ghettos zu beherbergen. Dazu gehören Artefakte aus den Bereichen Musik, bildende Kunst, Literatur und Theater, die vom großen Wunsch der Zwangsbewohner nach ein wenig Menschlichkeit und Hoffnung unter den Bedingungen des Konzentrationslagers zeugen. Neben der Ausstellung beherbergt das Gebäude ein pädagogisches Begegnungszentrum.

Das Krematorium auf dem jüdischen Friedhof Theresienstadt wurde auf Befehl der SS-Kommandeure von Ghettohäftlingen errichtet. Es wurde Anfang Oktober 1942 in Betrieb genommen. Der zentrale Teil der Anlage bestand aus vier ölbetriebenen Verbrennungsöfen der Firma Ignis Hüttenbau aus Teplice-Šanov. Der vordere Teil diente als Raum zum Entladen der Leichen aus den Särgen. Auf der einen Seite grenzte er an den Autopsieraum, auf der anderen Seite befand sich ein Anbau, in dem die Wachen aus tschechischen Polizisten und Häftlingen untergebracht waren, die am Krematorium arbeiteten. Zur Zeit der höchsten Sterberate gab es bis zu 18 Häftlingsarbeiter, die in festen Schichten wechselten. Wenn die Sterberate sank, wurde die Zahl der Arbeiter auf vier reduziert. Das Krematorium wurde von SS-Scharführer Heindl beaufsichtigt, einem der gefürchtetsten Lagerführer, doch auch die Lagerkommandanten führten routinemäßige Kontrollen durch.