Marie passa beaucoup de temps au château de Stirling tout au long de sa vie. Elle fut couronnée dans la chapelle du château de Stirling à seulement six jours et retourna au palais royal à de nombreuses reprises au cours de sa vie adulte.

Sans doute l'un des bâtiments du XVIe siècle les plus impressionnants au monde, le palais des Malouines était une résidence royale. Marie y passait son temps libre et jouait au tennis sur ce qui est aujourd'hui le plus ancien court de tennis du monde.

Lieu de naissance de Marie, le palais de Linlithgow était une « maison à mi-chemin » entre Édimbourg et Stirling et était souvent utilisé comme lieu de loisirs et de divertissement pour la famille royale écossaise.

Craigmillar est souvent surnommé « l'autre château » d'Édimbourg. Mary y a passé deux périodes de sa vie, la première alors qu'elle était très malade après la naissance de son fils, la seconde avant le meurtre de son mari lors du « complot de Craigmillar ».