Die Inkas bauten den als Kiswarkancha bekannten Tempel auf dem Hauptplatz in Cusco. Es war der Inka-Palast von Viracocha, dem Herrscher des Königreichs Cusco, etwa ein Jahrhundert vor der Ankunft der spanischen Kolonisten. Der ursprüngliche Name dieser Stadt war Qusqu. Obwohl er auf Quechua verwendet wurde, hat man seinen Ursprung in der Aymara-Sprache gefunden. Das Wort selbst stammt aus der Phrase qusqu wanka („Fels der Eule“) und bezieht sich auf den Gründungsmythos der Ayar-Geschwister. In der Nähe des Kiswarkancha befand sich Suntur Wasi, ein Waffen- und Wappenzentrum für das Inka-Königshaus. Als die spanischen Konquistadoren in Cuzco ankamen, beschlossen sie, den Tempel abzureißen und an diesem markanten Ort ihre christliche Kathedrale zu errichten. Der Bau der Kathedrale begann 1559 auf den Fundamenten des Kiswarkancha. Sie hat die Form eines lateinischen Kreuzes. Der Standort von Viracochas Palast wurde gewählt, um die Inka-Religion aus Cusco zu entfernen und durch das spanische katholische Christentum zu ersetzen. Da 1559 nur 26 Jahre nach dem Einmarsch der Konquistadoren in Cusco im Jahr 1533 vergangen war, stammte die überwiegende Mehrheit der Bevölkerung noch immer von den Quechua-Inkas ab. Die Spanier nutzten die Inkas als Arbeitskräfte zum Bau der Kathedrale. Die ursprünglichen Entwürfe für das 4.000 m2 große Bauwerk wurden vom spanischen Architekten und Konquistadoren Juan Miguel de Veramendi gezeichnet. Sein Entwurf in Form eines lateinischen Kreuzes umfasste ein dreischiffiges Kirchenschiff, dessen Dach von nur 14 Säulen getragen wurde. Während der 95 Jahre dauernden Bauzeit wurden die Bauarbeiten bis zur Fertigstellung im Jahr 1654 von spanischen Priestern und Architekten überwacht. Die meisten Steine des Gebäudes wurden aus Sacsayhuamán entnommen, einem heiligen und Verteidigungsbauwerk der Inkas auf den Hügeln oberhalb von Cusco. Aufgrund seiner Größe ist ein Großteil von Sacsayhuamán intakt geblieben. So wie der Tempel von Viracocha entfernt und die heiligen Steine von Sacsayhuamán zum Bau der Kathedrale verwendet wurden, was eine absichtliche Entweihung der religiösen Architektur der Inka darstellte, entfernten die Spanier, als sie erfuhren, dass der Sand, der auf dem Hauptplatz von Cusco ausgebreitet wurde, als heilig galt, ihn und verwendeten ihn im Mörtel der Kathedrale. Der gotisch-renaissanceartige Stil der Kathedrale spiegelt den spanischen Stil während der spanischen Eroberung Südamerikas und auch Cuscos wider. Es gibt auch Hinweise auf barocke Einflüsse in der Fassade an der Plaza de Armas. Die Inkas integrierten einige ihrer religiösen Symbole in die Kathedrale, zum Beispiel ist der geschnitzte Kopf eines Jaguars (ein wichtiger Gott oder religiöses Motiv, das in weiten Teilen des alten Peru weit verbreitet ist) Teil der Kathedralentüren.

Ursprünglich Intikancha oder Intiwasi genannt, war es Inti gewidmet und befindet sich in der alten Inka-Hauptstadt Cusco. Nach dem Krieg mit den spanischen Konquistadoren im 16. Jahrhundert wurde es größtenteils zerstört, und ein Großteil seines Mauerwerks bildet das Fundament der Kirche und des Klosters Santo Domingo. Für den Bau von Coricancha verwendeten die Inka Quadermauerwerk, das aus quaderförmigen Steinen ähnlicher Größe besteht. Die Verwendung von Quadermauerwerk erschwerte den Bau des Tempels erheblich, da die Inka keine Steine ​​mit kleinen Unregelmäßigkeiten oder Brüchen verwendeten. Durch die Wahl dieser Mauerwerksart wollten die Inka die Wichtigkeit des Bauwerks durch den Arbeitsaufwand verdeutlichen. Aufgrund der mühevollen Arbeit, die der Bau von Gebäuden aus Quadermauerwerk erforderte, wurde diese Bauweise zum Symbol der imperialen Macht der Inka, lokale Arbeitskräfte zu mobilisieren. Die Nachahmung von Inka-Architekturtechniken, wie sie in Coricancha zum Einsatz kamen, in ganz Südamerika verdeutlicht die Kontrolle der Inka über ein riesiges geografisches Gebiet. Pachacuti Inca Yupanqui baute Cusco und das Haus der Sonne wieder auf, bereicherte es mit weiteren Orakeln und Gebäuden und fügte Platten aus Feingold hinzu. Er stellte den Mama-cunas, den Nonnen, Vasen aus Gold und Silber für die Gottesdienste zur Verfügung. Schließlich nahm er die Leichen der sieben verstorbenen Inkas und schmückte sie mit Masken, Kopfbedeckungen, Medaillen, Armbändern und goldenen Zeptern und legte sie auf eine goldene Bank. Die Wände waren einst mit Goldplatten bedeckt, und der angrenzende Innenhof war voller goldener Statuen. Spanische Berichte berichten von seinem Reichtum, der „unfassbar“ war. Als die Spanier von den Inka ein Lösegeld in Gold für das Leben des Anführers Atahualpa verlangten, wurde der Großteil des Goldes in Coricancha gesammelt. Die spanischen Kolonisten errichteten an dieser Stelle die Kirche Santo Domingo, zerstörten den Tempel und nutzten dessen Fundamente für die Kathedrale. Der Bau dauerte fast ein Jahrhundert. Dies ist einer von zahlreichen Orten, an denen die Spanier Inka-Mauerwerk in die Struktur eines Kolonialgebäudes integrierten. Schwere Erdbeben beschädigten die Kirche schwer, doch die Inka-Steinmauern, die aus riesigen, eng ineinandergreifenden Steinblöcken errichtet wurden, stehen dank ihres raffinierten Mauerwerks noch heute. In der Nähe befindet sich ein unterirdisches archäologisches Museum mit Mumien, Textilien und heiligen Götzenbildern aus dieser Stätte.

Der Begriff Sacsayhuamán bedeutet auf Quechua „Ort, an dem der Falke gesättigt ist“. Der Name ist sicherlich auf die Anwesenheit dieser Vögel zurückzuführen. Man vermutet, dass es sich um eine Festung handelte, obwohl auch angenommen wird, dass es sich um ein zeremonielles Zentrum handelte. Aufgrund seiner militärisch geprägten Struktur nannten die Spanier ihn bei ihrer Ankunft im 16. Jahrhundert „Festung“. Als der spanische Angriff während des Inka-Aufstands in Vilcabamba zurückgeschlagen wurde, diente der Ort als Inka-Festung. Die Architektur von Sacsayhuamán umfasst heilige Gebäude wie Wohnhäuser, Türme, Schreine, Lagerhäuser, Straßen und Aquädukte. Daher ähneln Form und Harmonie der Landschaft anderen heiligen Inka-Stätten wie Machu Picchu. Die Hauptmauer von Sacsayhuamán ist im Zickzack aus riesigen Steinen gebaut, die bis zu 5 Meter hoch und 2,5 Meter breit sind (zwischen 90 und 125 Tonnen schwer). Die Südseite wird von einer etwa 400 Meter langen, polierten Mauer begrenzt. Ost und West werden durch weitere Mauern und Plattformen begrenzt. Laut dem peruanischen Chronisten Inka Garcilaso de la Vega war Sacsayhuaman das größte architektonische Werk der Inka während ihrer Blütezeit. Von Sacsayhuaman aus hat man einen atemberaubenden Blick auf Cusco. Man kann die Gipfel von Ausangate, Pachatusán und Cinca sehen. Diese Gipfel galten den Inka als heilig. Der archäologische Komplex selbst bietet beeindruckende Orte, einige davon mit Geschichte und Bedeutung.

Das Inkareich wurde im 16. Jahrhundert von europäischen Truppen vollständig zerstört. Viele ihrer massiven Tempel, Festungen und Städte blieben erhalten, jedoch ohne Hinweise auf ihren Zweck. Der Qenqo-Tempel, fünfzehn Minuten von Cusco entfernt, ist ähnlich mysteriös, und in diesem historischen Vakuum hat sich eine düstere Geschichte gebildet. Auf Quechua bedeutet Qenqo Labyrinth oder Zickzack, und der Tempel ist nach dem gewundenen Kanal benannt, der in seinen Felsen gehauen wurde. Obwohl klar ist, dass der Kanal eine Art Flüssigkeit führte, müssen Forscher über seinen Zweck und die transportierte Flüssigkeit raten. Hypothesen reichen von Weihwasser über Chicha (Maisbier) bis hin zu Blut. Alle drei deuten darauf hin, dass Qenqo für Totenrituale genutzt wurde, möglicherweise um Leichen einzubalsamieren oder anhand des Verlaufs der Flüssigkeit festzustellen, ob eine Person ein gutes Leben geführt hat. Auch in seiner Konstruktion ist Qenqo ein einzigartiger Tempel, da er vollständig aus einem gigantischen Monolithen gehauen wurde. Der Tempel erstreckt sich über einen Hang, ist in den Fels gehauen und verbindet künstliche Tunnel mit natürlichen Kammern. Eine dieser Kammern verfügt über 19 kleine Nischen und ist als Amphitheater angelegt. Auch hier ist der Zweck des Theaters im Laufe der Zeit verloren gegangen, doch die meisten sind sich einig, dass der Bereich für eine Art Opfer für die Sonnen-, Mond- und Sternengötter genutzt wurde, die an diesem Ort verehrt wurden.

Puca Pucara beherbergt Anlagen wie innere Plätze, Kanäle, Aquädukte, Bäder und eine bekannte alte Straße, die Teil des Inka-Straßennetzes namens Qhapaq Ñan gewesen sein soll. Die Gebäude sind aus Steinen unterschiedlicher Größe (klein und mittelgroß) gebaut. Im Vergleich zu anderen archäologischen Stätten weist Puca Pucara eine sehr unebene Felsoberfläche auf. Der Name Puca Pucara bedeutet „rote Festung“ und kommt vom Standort der archäologischen Gruppe und der Existenz einiger halbkreisförmiger Anlagen. Rot ist die Farbe der Erde. Der Name dieses Ortes wurde ab dem 20. Jahrhundert verwendet. Die Erbauer der Inka-Zivilisation errichteten drei unregelmäßig angelegte Mauern, die die drei Ebenen der Stätte bilden. Die erste Mauer weist einen gewundenen Weg auf, der es sorgfältig vermeidet, die hervorstehenden Felsen zu schneiden. Am nördlichen Ende, an der Rückseite der Außenmauer, befinden sich insgesamt 6 Räume unterschiedlicher Größe. Sie sind unregelmäßig angeordnet, um die Steine, aus denen die Mauer besteht, nicht zu berühren. Im Westen befindet sich ein trapezförmiger, erhöhter Platz, der über eine Außentreppe zugänglich ist. In der Antike war der Platz auf zwei Seiten von Gebäuden umgeben. Die neun regelmäßig angeordneten Räume scheinen keine befestigten Anlagen gewesen zu sein. Die zweite Mauer verläuft um die zentrale Erhebung. Diese ersten beiden Mauern haben breite Plattformen im Osten und Süden der Stätte. Auf der Rückseite der zweiten Mauer sind drei verschiedene Räume der typischen Inka-Architektur zu erkennen, da zwei von ihnen nicht den üblichen rechteckigen, sondern einen trapezförmigen Grundriss haben. Die dritte Mauer umgibt den Gipfel, und es gibt keine Spuren der Gebäude, die an dieser Stelle existiert haben könnten. Die Gebäude wurden aus Steinen verschiedener Größen zwischen mittel und klein errichtet; die Oberfläche der Felsen ist im Vergleich zu anderen archäologischen Überresten der Inka-Zivilisation sehr uneben. Die städtebauliche Anlage ist angemessen und funktional. Einigen Chronisten zufolge übernachtete der Inka in vorspanischer Zeit, als er sich auf den Besuch der Bäder in Tambomachay vorbereitete, mit seinem Gefolge aus Soldaten und Tänzern in Puca Pucara, das gleichzeitig als Kaserne und Tambo (Herberge) diente. Gerüchten zufolge existierte dort ein Chincana (Tunnel), der als Verbindungskanal zwischen diesen beiden Inkastädten dienen sollte.

Tambomachay ist eine archäologische Inka-Stätte etwas außerhalb von Cusco. Ihre genaue Funktion ist unbekannt, aber sie könnte als zeremonielle Stätte, Inka-Heilbad oder militärischer Außenposten gedient haben – oder vielleicht eine Mischung aus allen dreien. Tambomachay liegt auf einem Hügel etwa 6,5 ​​Kilometer nördlich von Cusco, etwa 3.700 Meter über dem Meeresspiegel. Die Anlage besteht aus drei abgestuften Terrassen aus präzisem Inka-Mauerwerk, wobei einige der Stützmauern trapezförmige Nischen aufweisen. Das Ganze ist über oder in eine natürliche Quelle gebaut, die kontinuierlich eine Reihe kleiner Aquädukte, Kanäle und Wasserfälle speist, die in die Terrassen eingebaut sind. Die Stätte ist auch als El Baño del Inca oder das Bad der Inka bekannt. Dies bezieht sich auf eine der seit langem bestehenden Theorien über die Funktion der Stätte: dass es sich um eine Art Heilbad für den Inka-Herrscher und vielleicht auch für den weiteren Inka-Adel handelte. Es ist ein abgeschiedener und ruhiger Ort, und das ständig fließende Wasser hätte sicherlich alle Wellness-Bedürfnisse der Inka erfüllt. Aber in Tambomachay gab es wahrscheinlich mehr zu erleben als nur Höhenbaden.