Sein Name wird mit „Wasser mit Moos“ oder „Feuchtigkeit des Wassers“ übersetzt, obwohl es Autoren gibt, die vermuten, dass er „trübes Wasser“ bedeutet, aufgrund der Nähe zu kleinen Seen mit einer eher trüben Farbe. Andere Forscher der alten Maya-Sprache schlagen weitere Übersetzungen vor, darunter „Wasser von Chachalacas“; „Zahn von Tuza“, was auch von den Maya-Wörtern oder „reichlich vorhandenes Wasser“ stammen würde. Coba erlebte seine Blütezeit in der klassischen Periode, als es eine weite Region beherrschte. Zwischen 200 und 800 n. Chr. war Cobá eine der größten Metropolen der Maya-Welt, bis sein großer Rivale Chichen Itza seinen Herrschaftsbereich ausweitete.