Город был основан Се Акатлем Топильцином Кецалькоатлем, правителем, который даровал региону великое процветание, которое было прервано из-за противостояния последователей бога Кецалькоатля и Тескатлипоки, богов, которые в ацтекской мифологии были враждующими.

Общество Иисуса пришло в Тепоцотлан в 1580 году, чтобы работать с индейцами, и основало резиденцию, где родители изучали языки отоми, науатль и масахуа. Он также основал семинарию Сан-Мартин для обучения детей основных индейцев. Наконец, он основал Дом пробации, чтобы молодые люди, желающие вступить в Общество, могли посещать послушничество. Школа предназначалась исключительно для иезуитов, в то время как гостиница и храм были общественными местами, а семинария Сан-Мартин была заселена только коренными жителями. Недвижимость была построена на естественном мысе, который использовался для строительства трех уровней, в настоящее время идентифицированных как входной завод, первый этаж и верхний этаж.