Этот национальный парк был определен как выдающаяся «важная орнитологическая территория» в водно-болотных угодьях Южной Индии и Шри-Ланки. Здесь было обнаружено 197 видов птиц, а водно-болотные угодья являются местом обитания около 100 видов водоплавающих птиц, из которых половина являются перелетными. Из 197 видов орнитофауны 58 являются перелетными видами. Национальный парк Бундала является последним известным убежищем большого фламинго, и здесь можно наблюдать большие стаи во время сезона их миграции. Бундала — единственный национальный парк на Шри-Ланке, где любители сафари могут наблюдать оба вида крокодилов, которые обитают на острове. Здесь можно увидеть большое количество гребнистых и болотных крокодилов.