Après Bab Bou Jeloud, commence la plus grande et la plus belle médina du Maghreb, autrefois divisée en une vingtaine de petites médinas. Ruelles étroites et sombres, moins agréables mais plus authentiques, les deux artères principales s'élargissant sans cesse, à tel point que Fès El-Bali compte près d'un millier de derbs (impasses).

Également connue sous le nom de Médersa Mererside, cette dernière est la plus grande de Fès. Sa construction s'est étalée de 1350 à 1357 sous l'égide du sultan Abou Inan. Ses plâtres sculptés, ses boiseries en cèdre aujourd'hui décolorées, ses décors en bronze, marbre et onyx, ses fenêtres souvent surmontées de stalactites, les mukarnas, sont caractéristiques de l'architecture mérinide. Les murs du patio intérieur sont ornés de zelliges surmontés de stuc et d'un dais de tuiles vertes. La salle de prière possède notamment de superbes vitraux anciens et un magnifique minbar. Toujours en activité, cette médersa sert aujourd'hui de mosquée et représente l'un des rares édifices religieux du Maroc ouverts aux non-musulmans.

Cette place tire son nom du souk des ébénistes qui se dresse derrière une porte en bois dans une ruelle en contrebas. Sa fontaine est splendide et insolite. Au fond de la place, le « Fondouk » (maison En-Najjarine), probablement construit au XVIIe siècle, a récemment été transformé en mosquée et s'ouvre sur une façade à la décoration extrêmement riche.

Au bord de l'oued Fès qui fournit l'eau nécessaire au traitement des peaux, le quartier des tanneurs de Chouara déploie ses couleurs vives. Depuis les terrasses des maisons environnantes, la vue plonge sur une succession de bassins de teinture rouge et fauve. Les peaux sèchent un peu partout au soleil. « Laine, peaux, cire sont expédiées en grandes quantités vers l'Europe ; les plus beaux cuirs restent à Fès où, travaillés par des ouvriers habiles, ils servent à fabriquer des belghas (sortes de babouches), des coussins, des ceintures, des articles de luxe que l'on vient acheter de tout le Maroc. »

Ce terme désigne au Maroc l'ensemble des quartiers juifs et vient du mot melh (sel). Le mellah de Fès, considéré comme le premier du Maroc, était situé près de l'actuel palais Jamaï, dans le quartier El Yahoudi au nord de la ville. Le quartier connut l'animation d'une vie de travail et de prière, autour de ses petites boutiques, de ses ateliers d'orfèvrerie (spécialité des juifs autrefois), de ses synagogues ou encore de ses écoles talmudiques. Il est aujourd'hui habité par une majorité musulmane, majoritairement des ruraux, fraîchement arrivés en ville. Parmi les bâtiments historiques qui ont marqué les sept siècles de vie juive : la maison du Grand Rabbin, la synagogue Danan et le cimetière juif qui se trouve en contrebas du quartier.

Important bâtiment commercial construit au XVIIe siècle, dont la porte monumentale unique par sa structure, sa forme et ses éléments décoratifs, a retrouvé toute sa beauté : chaleur du bois de cèdre, élégance des arcades, mais aussi renaissance d'un quartier central de la Médina. Autour de son Foundouk, avec sa place, sa fontaine et le souk des charpentiers, il fait l'objet d'une restauration-réhabilitation exemplaire. Le Foundouk Nejjarine est devenu un musée du bois où sont exposées les boiseries de l'architecture traditionnelle.

Le palais Dar Batha abrite aujourd'hui un musée des arts marocains. Tapis, bijoux berbères, poteries de Fès, corans enluminés, bois de cèdre sculpté, armes à feu, sculptures et pierres gravées, pièces de monnaie, broderies, zelliges et stucs ciselés récupérés dans des médersas en ruines. On y trouve également une collection renommée de céramiques du XIVe siècle à nos jours et, bien sûr, les célèbres poteries bleues de Fès. Ce musée est aussi intéressant pour son jardin andalou que pour ses magnifiques collections d'art traditionnel fassi : manuscrits, meubles, vêtements, tapis et bijoux.