Le terme Sacsayhuaman signifie en quechua « lieu où le faucon est rassasié ». Ce nom est certainement dû à la présence de ces oiseaux. On suppose qu'il s'agissait d'une forteresse, bien qu'on pense également qu'il s'agissait d'un centre cérémoniel. En raison de sa structure à caractère militaire, les Espagnols, à leur arrivée au XVIe siècle, l'auraient baptisée « forteresse ». Lorsque l'attaque espagnole fut repoussée lors de la rébellion inca de Vilcabamba, le lieu servit de forteresse inca. L'architecture de Sacsayhuaman comprend des bâtiments sacrés tels que des habitations, des tours, des sanctuaires, des entrepôts, des routes et des aqueducs. C'est pourquoi la forme et l'harmonie du paysage rappellent celles d'autres sites sacrés incas comme le Machu Picchu. Le mur principal de Sacsayhuaman est construit en zigzag avec des pierres géantes atteignant 5 mètres de haut et 2,5 mètres de large (entre 90 et 125 tonnes). Le côté sud est délimité par un mur poli d'environ 400 mètres de long. Les côtés est et ouest sont délimités par d'autres murs et plateformes. Selon le chroniqueur péruvien Inca Garcilaso de la Vega, Sacsayhuaman fut la plus grande œuvre architecturale construite par les Incas à leur apogée. Sacsayhuaman offre une vue imprenable sur Cusco. On peut y admirer les sommets de l'Ausangate, du Pachatusán et du Cinca, considérés comme sacrés par les Incas. Le complexe archéologique lui-même abrite des sites remarquables, dont certains sont chargés d'histoire et de signification.

L'Empire inca fut entièrement détruit par les forces européennes au XVIe siècle. Nombre de ses temples, forteresses et villes imposants furent préservés, mais sans aucun indice quant à leur fonction. Le temple de Qenqo, à quinze minutes de Cuzco, est tout aussi mystérieux, et un sombre récit s'est formé dans ce vide historique. En quechua, Qenqo signifie labyrinthe ou zigzag, et le temple doit son nom au canal tortueux creusé dans la roche. Bien qu'il soit clair que ce canal transportait un liquide, les chercheurs ont dû deviner sa fonction et le liquide qu'il transportait. Les hypothèses vont du transport d'eau bénite à la chicha (bière de maïs) en passant par le sang. Toutes trois indiquent que Qenqo était utilisé pour des rituels funéraires, peut-être pour embaumer les corps ou pour déterminer si une personne menait une vie vertueuse grâce au cours du liquide. Qenqo est également un temple unique par sa construction, entièrement creusé dans un gigantesque monolithe. Étendu à flanc de colline, le temple est creusé dans la roche et allie tunnels artificiels et chambres naturelles. L'une de ces chambres, aménagée en amphithéâtre et dotée de 19 petites niches, a été conçue. Là encore, la fonction du théâtre s'est perdue au fil du temps, mais la plupart s'accordent à dire que cet espace était utilisé pour des sacrifices aux dieux du soleil, de la lune et des étoiles, vénérés sur place.

Puca Pucara abrite des enceintes telles que des places intérieures, des canaux, des aqueducs, des thermes et une ancienne route bien connue, qui aurait fait partie du réseau de routes incas connu sous le nom de Qhapaq Ñan. Les bâtiments sont construits avec des rochers de différentes tailles (petits et moyens). Puca Pucara présente une surface rocheuse très irrégulière, comparée à d'autres sites archéologiques. Le nom Puca Pucara signifie « fort rouge » et est dû à l'emplacement du groupe archéologique et à la présence d'une enceinte semi-circulaire. Le rouge est la couleur de la terre. Ce nom est utilisé depuis le XXe siècle. Les bâtisseurs de la civilisation inca ont construit trois murs de plan irrégulier, définissant les trois niveaux du site. Le premier mur présente un chemin sinueux, évitant soigneusement de couper les rochers saillants. À l'extrémité nord, à l'arrière du mur extérieur, se trouvent six pièces de tailles différentes, disposées de manière irrégulière afin d'éviter tout contact avec les pierres qui le composent. À l'ouest, vous trouverez un haut lieu de forme trapézoïdale, accessible par un escalier extérieur. Autrefois, la place était entourée de bâtiments sur deux côtés. Les neuf salles régulièrement disposées à cet endroit ne semblent pas avoir été des enceintes fortifiées. Un deuxième mur entoure l'élévation centrale. Ces deux premiers murs présentent de larges plateformes à l'est et au sud du site. À l'arrière du deuxième mur, on trouve trois salles différentes, typiques de l'architecture inca, dont deux n'ont pas le sol rectangulaire habituel, mais trapézoïdal. Le troisième mur entoure le sommet et ne conserve aucune trace des bâtiments qui auraient pu exister à cet endroit. Les bâtiments ont été construits avec des pierres de tailles variées, allant de moyennes à petites, dont la surface est très irrégulière comparée à d'autres vestiges archéologiques de la civilisation inca. Le plan urbain présente un agencement adéquat et fonctionnel. Selon certains chroniqueurs, à l'époque préhispanique, lorsque l'Inca se préparait à visiter les bains de Tambomachay, son entourage, composé de soldats et de danseurs, séjournait à Puca Pucara, qui servait à la fois de caserne et de tambo (auberge). Des rumeurs circulent sur l'existence d'une chincana (tunnel), censée servir de voie de communication entre ces deux villes incas.

Tambomachay est un site archéologique inca situé juste à l'extérieur de Cuzco. Sa fonction précise est inconnue, mais il pourrait avoir servi de lieu cérémoniel, de spa inca ou d'avant-poste militaire, voire les trois à la fois. Tambomachay se trouve sur une colline à environ 6,5 kilomètres au nord de Cuzco, à environ 3 700 mètres d'altitude. La structure se compose de trois terrasses étagées en pierre inca de haute précision, avec des niches trapézoïdales aménagées dans certains murs de soutènement. L'ensemble est construit sur, ou dans, une source naturelle qui alimente en continu une série de petits aqueducs, de canaux et de cascades aménagés dans les terrasses. Le site est également connu sous le nom d'El Baño del Inca, ou le Bain de l'Inca. Ce nom fait référence à l'une des théories les plus anciennes sur sa fonction : il s'agissait d'une sorte de spa pour le souverain inca, et peut-être pour la noblesse inca au sens large. C'est un endroit isolé et tranquille, et l'eau qui coule constamment aurait certainement comblé tous les besoins des Incas en matière de cure thermale. Mais il se passait probablement bien plus à Tambomachay que de simples bains en altitude.