شُيّدت الكنيسة، بعد وفاة القديسة كلارا، بين عامي ١٢٥٧ و١٢٦٥، حول كنيسة القديس جاورجيوس القديمة، التي كانت حتى عام ١٢٣٠ تضم رفات القديس فرنسيس. نُقلت رفات القديسة مبكرًا عام ١٢٦٠، بينما أُقيم التكريس الرسمي عام ١٢٦٥ بحضور البابا كليمنت الرابع. نفّذ أعمال البناء المهندس المعماري فيليبو دا كامبيلو. بُني القبو الذي يضم قبر القديسة حاليًا عام ١٨٥٠ فقط. وكان الغرض منه في الأصل إيواء جماعة راهبات الكلاريس الفقيرات، اللواتي كنّ يسكنّ في كنيسة سان داميانو.

تقع كنيسة القديس فرانسيسكو في أسيزي، أومبريا. وهي المكان الذي حفظ وحرس رفات القديس السيرافي منذ عام ١٢٣٠. وقد طلبها البابا غريغوريوس التاسع ككنيسة خاصة، ومنحها البابا نفسه لقب "رأس وأم" للرهبنة الأقلية، وأُسندت إلى نفس الرهبان إلى الأبد. وهي جزء من ممتلكات الكرسي الرسولي غير الخاضعة للحدود الإقليمية، لذا فهي لا تتمتع بالحصانة الدبلوماسية. في التاريخ المعقد الذي ميز تطور الرهبنة، كانت البازيليكا (والدير المقدس الملحق بها) دائمًا تحت حراسة ما يُسمى "رهبان الجماعة"، وهي المجموعة التي شكلت لاحقًا رهبنة الإخوة الأصاغر (التي أصبحت تُعرف منذ عام ٢٠٠٦ باسم "الكنيسة البابوية") والكنيسة البابوية. في عام ٢٠٠٠، أُدرجت البازيليكا، إلى جانب مواقع فرنسيسكانية أخرى في المنطقة، في قائمة اليونسكو للتراث العالمي. وهي معلم وطني إيطالي.

وقت فراغ لزيارة المدن الجميلة التي تعود إلى العصور الوسطى وشوارع أسيزي الجميلة