تم تحديد هذه الحديقة الوطنية باعتبارها "منطقة مهمة للطيور" في الأراضي الرطبة في جنوب الهند وسريلانكا. تم التعرف على ١٩٧ نوعًا من الطيور هنا، حيث تؤوي موائل الأراضي الرطبة حوالي ١٠٠ نوع من الطيور المائية، نصفها مهاجرة. من بين ١٩٧ نوعًا من الطيور، ٥٨ نوعًا مهاجرًا. تعد حديقة بوندالا الوطنية آخر ملجأ معروف لطيور النحام الكبيرة ويمكن ملاحظة أسراب كبيرة هنا خلال موسم هجرتها. تعد بوندالا الحديقة الوطنية الوحيدة في سريلانكا حيث يمكن لرواد السفاري مشاهدة كلا النوعين من التماسيح الموجودة على الجزيرة. يمكن رؤية أعداد كبيرة من تماسيح مصب النهر وتماسيح الماجر هنا.