المتحف القومي للحضارة المصرية تنقسم المجموعة الدائمة إلى منطقتين منفصلتين، إحداهما زمنية والأخرى موضوعية. وستكون المناطق الزمنية على النحو التالي: الآثار القديمة والفرعونية واليونانية الرومانية والقبطية والعصور الوسطى والإسلامية والحديثة والمعاصرة. وستكون المناطق الموضوعية على النحو التالي: فجر الحضارة والنيل والكتابة والدولة والمجتمع والثقافة المادية والمعتقدات والفكر ومعرض المومياوات الملكية. قدمت اليونسكو المساعدة الفنية للمتحف. تم أخذ المجموعات من متاحف مصرية أخرى مثل المتحف المصري والمتحف القبطي ومتحف الفن الإسلامي وقصر ومتحف المنيل بالقاهرة ومتحف المجوهرات الملكية بالإسكندرية. في ٣ أبريل ٢٠٢١، تم افتتاح المتحف رسميًا، قبل نقل ٢٢ مومياء، بما في ذلك ١٨ ملكًا وأربع ملكات، من المتحف المصري في حدث أطلق عليه اسم موكب الفراعنة الذهبي.

يُعتقد تقليديًا أن كنيسة القديسين سرجيوس وباخوس قد بُنيت في المكان الذي استراحت فيه العائلة المقدسة، يوسف ومريم والطفل يسوع المسيح، في نهاية رحلتهم إلى مصر. ربما عاشوا هنا أثناء عمل يوسف في الحصن. للكنيسة أهمية تاريخية بالغة، وفي الواقع، انتُخب فيها العديد من بطاركة الكنيسة القبطية.

المتحف القبطي في نهاية الجولة، ستزور المتحف القبطي الرائع، والذي يقع في منطقة ذات أهمية تاريخية كبيرة داخل حرم حصن بابليون. يشغل المتحف مساحة تزيد عن ٨٠٠٠ متر مربع ويضم ما يقرب من ١٦٠٠٠ قطعة ذات أهمية لأقباط مصر.