يقدم متحف نابولي الوطني للآثار واحدة من أروع مجموعات العالم من القطع الأثرية اليونانية الرومانية. كان المتحف في الأصل ثكنة لسلاح الفرسان ثم مقرًا لجامعة المدينة، وقد أنشأه ملك بوربون تشارلز السابع في أواخر القرن الثامن عشر لإيواء الآثار التي ورثها عن والدته إليزابيتا فارنيزي، بالإضافة إلى الكنوز المنهوبة من بومبي وهيركولانيوم. تشمل المعروضات البارزة تمثال تورو فارنيزي (ثور فارنيزي) الشهير والفسيفساء المذهلة من كازا ديل فونو في بومبي. تتميز مجموعة فارنيزي من المنحوتات اليونانية والرومانية الضخمة بتمثال تورو فارنيزي وتمثال إركولي (هرقل) مفتول العضلات. تم نحت تمثال تورو فارنيزي في أوائل القرن الثالث الميلادي وذكر في كتابات بليني الأكبر، وهو على الأرجح نسخة رومانية من أصل يوناني، ويصور الموت المهين لديرسي، ملكة طيبة. نحت هذا التمثال من كتلة رخامية ضخمة واحدة، واكتشف عام ١٥٤٥ في حمامات كاراكالا بروما، وقام مايكل أنجلو بترميمه قبل أن يُشحن في النهاية إلى نابولي عام ١٧٨٨. اكتُشف إركولي في نفس الحفريات الرومانية، وإن كان بدون ساقيه. كلف مايكل أنجلو بصنع دبابيس بديلة ونحتها جولييلمو ديلا بورتا. عندما عُثر على أرجل التمثال الأصلية، قررت عائلة فارنيزي عدم تركيبها، ولكن أُعيد تركيبها عندما أُهدي التمثال إلى ملك نابولي. يضم الطابق النصفي مجموعة رائعة من الفسيفساء، معظمها من بومبي. من السلسلة المأخوذة من كازا ديل فاونو، فإن معركة ألساندرو كونترو داريو (معركة الإسكندر ضد داريوس) هي الأبرز حقًا. الفسيفساء التي تبلغ مساحتها ٢٠ مترًا مربعًا، وهي أشهر تصوير للإسكندر الأكبر، ربما صنعها حرفيون سكندريون يعملون في إيطاليا في نهاية القرن الثاني قبل الميلاد تقريبًا.

كان هذا المكان في الأصل منطقة صيد للملك تشارلز الثالث وأصبح مقر إقامة ملكي لثلاث سلالات: البوربون والملكين الفرنسيين جوزيف بونابرت ويواكيم مورات وبيت سافوي بعد توحيد إيطاليا. توجد القاعات الرائعة في القصر مثل غرفة المهد وغرفة الرقص جنبًا إلى جنب مع غرف أكثر خصوصية مثل الكوة البومبيان. توجد أيضًا صور عائلية وأشياء فنية وزخرفية وسلع فاخرة من صنع بوربون مثل الأسلحة والحرير والمفروشات والخزف الشهير في كابوديمونتي. تحفة الصناعة النابولية هي صالون الملكة ماريا أماليا، وهي غرفة نوم حيث تكون الجدران مصنوعة بالكامل من الخزف متعدد الألوان بين عامي ١٧٥٧ و ١٧٥٩. منذ البداية، كان من المقرر أن يستضيف القصر مجموعة فارنيزي، وهي مجموعة شهيرة معروفة منذ القرن السادس عشر. ورثها تشارلز بوربون من والدته إليزابيث. مع مرور الوقت، توسّعت مجموعة فارنيزي بشكل ملحوظ بفضل المقتنيات، وأعمال الكنائس والأديرة، والوصايا والتبرعات، بالإضافة إلى أعمال الفن المعاصر التي تبرع بها الفنانون وأصحاب المعارض الفنية. تزخر القاعات بروائع جميع مدارس الفن الإيطالية: التوسكانية، والبندقية، والإميلية، والنابولية، والرومانية، بالإضافة إلى أعمال فنية مهمة لفنانين أجانب مثل بيتر بروغل. العديد من هذه الأعمال روائع فنية عالمية شهيرة، مثل لوحة "داناي" لتيتيان، ولوحة "صلب المسيح" لمازاتشيو، ولوحة "جلد المسيح" لكارافاجيو، ولوحة "فيزوف" لوارهول.