يُعتقد تقليديًا أن كنيسة القديسين سرجيوس وباخوس قد بُنيت في المكان الذي استراحت فيه العائلة المقدسة، يوسف ومريم والطفل يسوع المسيح، في نهاية رحلتهم إلى مصر. ربما عاشوا هنا أثناء عمل يوسف في الحصن. للكنيسة أهمية تاريخية بالغة، وفي الواقع، انتُخب فيها العديد من بطاركة الكنيسة القبطية.

سُميت الكنيسة المعلقة بهذا الاسم نسبةً إلى موقعها فوق بوابة قلعة بابل، الحصن الروماني في القاهرة القبطية (القاهرة القديمة)؛ حيث يُعلّق صحنها فوق ممر. يُمكن الوصول إلى الكنيسة بتسع وعشرين درجة؛ وقد أطلق عليها الرحالة الأوائل إلى القاهرة اسم "كنيسة الدرج". وقد ارتفع سطح الأرض حوالي ستة أمتار منذ العصر الروماني، لذا فإن البرج الروماني مدفون في معظمه تحت الأرض، مما يُقلل من التأثير البصري لموقع الكنيسة المرتفع.

ضمت المعابد اليهودية جنيزة، أو مستودعًا للوثائق المهجورة أو القديمة التي تحتوي على اسم الله، لأن التعاليم اليهودية تقضي بحفظ هذه الأوراق باحترام، ثم دفنها في النهاية في مقبرة. ضمّ المبنى الذي يعود للقرن الحادي عشر جنيزة كبيرة بشكل غير عادي، "بارتفاع طابقين، أشبه بصومعة منها بسقيفة - مع فتحة على السطح يمكن الوصول إليها من الأعلى".