الكنيسة المعلقة (المعلقة) التي لا تزال قيد الاستخدام، والمخصصة للسيدة العذراء مريم، تسمى الكنيسة المعلقة أو المعلقة لأنها بنيت فوق بوابة المياه في بابل الرومانية. تؤدي السلالم شديدة الانحدار من الساحة الأمامية إلى واجهة من القرن التاسع عشر تعلوها برجان جرسيان.

أبو سرجة (كنيسة القديسين سرجيوس وباخوس) هي كنيسة مسيحية قبطية تقع في الحي القبطي بالقاهرة. وهي مخصصة للقديسين سرجيوس وباخوس، وتشتهر بسبب الاعتقاد بأنها بنيت في نفس المكان الذي أقام فيه يوسف ومريم والطفل يسوع أثناء وجودهم في مصر.

كان معبد بن عزرا قديما مكان عبادة مسيحيا باسم كنيسة الشاميين، ووفقا للأسطورة، تم بناء المبنى في نفس المكان الذي وجد فيه موسى طفلا في سلته. ومع ذلك، عندما لم يعد المسيحيون الأقباط الذين يمتلكون الكنيسة قادرين على دفع الضرائب السنوية التي فرضها الحكام المسلمون، اضطروا إلى بيع الكنيسة. تم بيعها إلى إبراهيم بن عزرا، الذي اشترى المبنى في عام ٨٨٢ م مقابل ٢٠٠٠٠ دينار وحوله إلى كنيس يهودي.

تُعرف كنيسة الكهف الضخمة في القاهرة رسميًا باسم دير القديس سمعان الدباغ، وهي تشيد بمعجزة يُعتقد أن القديس سمعان (الذي يُكتب أيضًا القديس سمعان أو القديس سمعان) قام بها. قام جامعو القمامة المسيحيون الأقباط الأرثوذكس في المدينة (الزبالون) بحفر الكنيسة من جبل المقطم خلال سبعينيات القرن العشرين.