المتحف هو مزيج من إنجاز أيديولوجي وعلمي وسياسي. تتضمن مجموعات المتحف حجر الشمس، ورؤوس حجرية عملاقة من حضارة الأولمك التي عُثر عليها في غابات تاباسكو وفيراكروز، والكنوز المستردة من حضارة المايا، في سينوتي المقدس في تشيتشن إيتزا، وغيرها. كما يحتوي على نموذج لموقع وتخطيط العاصمة الأزتكية السابقة تينوتشتيتلان، والتي يشغل موقعها الآن المنطقة المركزية لمدينة مكسيكو سيتي الحديثة. تغطي المعارض الدائمة في الطابق الأرضي جميع الحضارات ما قبل كولومبوس الواقعة على الأراضي الحالية للمكسيك وكذلك في الأراضي المكسيكية السابقة في ما يُعرف اليوم بجنوب غرب الولايات المتحدة. يستضيف المتحف أيضًا معارض زائرة، تركز بشكل عام على ثقافات أخرى عظيمة في العالم